第一卷 飞翔天际的月天使
神秘机甲少女们在日本造成了破坏性的打击，当这十二名身带羽翼的少女从发出红黑色光芒的火炎当中振翼而飞之时，静矢赫然发现六年前他所看见的那名少女露夏娜亦在其中，不可思议的邂逅，诱使静矢一步步走向战场。
第二卷 多国联军的侵略
一群身穿机械盔甲、突然出现在空中的少女们使日本陷入毁灭状态。在这化为荒野的日本境内，静矢获邀进入了一座几乎只有小孩子居住的神秘都市「BEGATOPIA」，不过却因知悉重要机密的罪名而锒铛入狱。另一方面，身为机甲少女小队首领的露夏娜，也为了处决遭到俘虏的部下修拉而动身前往BEGATOPIA。然而，与静矢等人的再次碰面，却使她那原本冷酷无情的内心，逐渐产生了变化……
第三卷 少年柠立于荒野
日本因遭到战姬们的袭击而陷入毁灭状态，静矢虽然抵达国内唯一完好如初的都市．「ＢＥＧＡＴＯＰＩＡ」，然而ＢＥＧＡＴＯＰＩＡ却也在多国联军所发动的攻击之下，彻底遭到破坏。为了寻得安居之地，静矢重新踏上故乡旧土，不过却在因缘际会之下，与原为仇敌的露夏娜组成共同战线。战姬们的目的究竟为何？一切的谜团…都将获得揭晓！